物理生命シミュレーション
物理生命シミュレーションI（物理生命），計算物理学II（物理）
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授業テーマ
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構造生物学に基づいた生体分子設計
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授業のねらい・到達目標
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まず、生体分子の構造を十分に観察し、構造と機能の関係を理解することが最初のねらいとなる。そのためには、生物データベースを理解し、分子の表示方法について学ぶ必要がある。その後に、蛋白質および薬物の設計について段階的に学習していく。
アミノ酸の配列解析、ホモロジーモデリング、分子動力学シミュレーションなど一通りの技術を修得することも本講義の主要な目的の一つである。
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授業の方法
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高度かつ専用の分子設計支援ソフトおよびパソコンを用いて、演習形式の授業を行う。立体的な構造は、ステレオ表示により観察する。また、web検索を駆使して、必要な情報を得る訓練を積む。
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事前学習・授業計画コメント
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自宅にてデータベースおよびソフトウェアの使用方法について毎回後復習を行う
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授業計画
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1
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ガイダンス
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インターネットを利用した生物系文献調査
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3
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生物データベースの種類と利用法
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4
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配列解析 ホモロジーサーチなど
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5
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生体高分子の観察１ 核酸、脂質、糖
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6
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生体高分子の観察２ 蛋白質
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7
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生体高分子の観察３ 蛋白質とリガンド複合体
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8
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低分子のモデリング
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9
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蛋白質のモデリング
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蛋白質の改変、設計
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薬物設計、ドッキング
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分子力学
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分子動力学シミュレーション
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14
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15
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その他
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成績評価の方法
及び基準
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出席状況(50%)
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課題発表(50%)
コメント[出席点は、単なる出席回数でない 授業態度によってプラスにもマイナスにもなる。]
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オフィスアワー
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月 ２時３０分以降・火 ４時３０分以降 ８号館A210
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備考
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生体情報学１、２を同時に選択していることが強く望まれる。
受講者数制限を行う可能性あり。
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