生体情報学２

授業テーマ	生命情報科学の応用
授業のねらい・到達目標	生体高分子の運動における計算化学シミュレーション技術の基礎を理解する。生体情報学１で修得した知識・方法論をもとに、タンパク質と医薬品の分子設計の方法について詳しく学ぶ。
授業の方法	随時プリントを使用して行う。

授業計画
1	ガイダンス
2	分子力学　分子力場
3	分子シミュレーション１　シミュレーションとは
4	分子シミュレーション２　モンテカルロ法の方法論
5	分子シミュレーション３　遺伝的アルゴリズムの方法論
6	分子シミュレーション４　分子動力学法の方法論１
7	分子シミュレーション５　分子動力学法の方法論２
8	分子シミュレーション６　拡張分子動力学法
9	分子シミュレーション７　自由エネルギー計算法
10	分子シミュレーション８　分子動力学法の生体高分子への応用
11	薬剤分子の計算化学的設計１　分子ドッキング
12	薬剤分子の計算化学的設計３　実例
13	文献調査
14	授業内容の整理
15	総括　試験の解説　質疑応答

その他
教科書	なし
参考書	なし
成績評価の方法及び基準	試験(50%)、平常点(25%)、授業参画度(25%)
オフィスアワー	８号館A210　随時（事前にアポイントをとること。アポイントのとりかたについては第一回目の授業時に説明する）
備考	生体情報学１、特に構造生物学の知識の事前修得は必須。生命物質科学科学入門１を履修、もしくは相応の知識を修得していることが望ましい。物理シミュレーションについても履修していることが理想的である。