特別研究

授業テーマ	生体高分子の分子シミュレーション
授業のねらい・到達目標	生物学的問題に対して、計算科学的アプローチを用いて解析する基礎を学ぶ。特に、新規薬剤のような高機能な分子の設計法を学ぶことで、情報学・化学・生物学の接点を深く理解することを目的とする。
授業の方法	研究テーマに則した研究を行う。さらに、テーマに関しての調査、進捗を題材に発表・議論を行う。
事前学修・事後学修，授業計画コメント	研究を遂行するための事前・事後調査・学習は必須である。

授業計画
1	ガイダンス
2	テーマ設定
3	計算機の利用法１　Linuxの基礎1
4	計算機の利用法２　Linuxの基礎2
5	計算機の利用法３　SSHの利用法
6	計算機の利用法４　データの転送
7	構造データベースの検索法
8	論文データベースの検索法
9	分子構造モデリング
10	分子構造最適化法
11	低分子化合物データの利用法
12	低分子化合物データの検索法
13	分子ドッキング
14	分子構造の観察
15	分子シミュレーションの基礎１　遺伝的アルゴリズムの原理
16	分子シミュレーションの基礎２　モンテカルロ法の原理
17	分子シミュレーションの基礎３　分子動力学法
18	遺伝的アルゴリズムの実行
19	モンテカルロシミュレーションの実行
20	分子動力学シミュレーションの実行
21	結合自由エネルギーの計算法
22	結合自由エネルギー計算の実行
23	データ整理
24	論文の書き方
25	論文調査
26	論文作成１
27	論文作成２
28	論文作成３
29	論文作成４
30	論文提出と総括