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物理生命シュミレーション （本科目は「構造生物学演習」として開講する）
| 科目名 平成27年度以前入学者 |
物理生命シュミレーション （本科目は「構造生物学演習」として開講する） | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 教員名 | 末永敦 | ||||
| 単位数 | 2 | 学年 | 3 | 開講区分 | 今年度開講せず |
| 科目群 | 生命科学科 | ||||
| 学期 | 後期 | 履修区分 | 選択 | ||
| 授業概要 | 生体高分子の構造を利用した創薬について、研究所で研究経験のある教員がその経験を活かして、最先端の手法を指導する。 |
|---|---|
| 授業のねらい・到達目標 | 生体高分子の配列解析、立体構造予測、薬剤分子の分子設計等の生体情報学ツールを自ら操作し、それら一連の技術の修得を目標とする。 この科目は文理学部（学士（理学））のディプロマポリシーDP4,DP6及びカリキュラムポリシーCP7,CP9に対応しています。 |
| 授業の方法 | インターネット上のツールや専用の分子設計支援ソフトウェアを用いて、演習形式の授業を行う。 本授業の事前・事後学習は，各２時間の学習を目安とします。 |
| 履修条件 | 構造生物学、生体情報学Iを履修していることが望ましい。また、使用ソフトウェアのライセンス数制限から、受講者の調整を行うことがある。 |
| 授業計画 | |
|---|---|
| 1 |
ガイダンス 【事前学習】 生体情報学I、構造生物学について十分に復習しておく 【事後学習】 生体情報学I、構造生物学について十分に復習をしておく |
| 2 |
生物学データベースの利用 【事前学習】 生物学データベースの種類などについて調査しておく 【事後学習】 生物学データベースの利用をもう一度自分で試しておく |
| 3 |
文献データベースの利用 【事前学習】 文献データベースの種類などについて調査しておく 【事後学習】 文献データベースの利用をもう一度自分で試しておく |
| 4 |
配列情報からのタンパク質の機能予測 【事前学習】 タンパク質の配列と機能の関連性について調査しておく 【事後学習】 配列情報からのタンパク質の機能予測をもう一度自分で試しておく |
| 5 |
構造情報からのタンパク質の機能予測 【事前学習】 タンパク質の構造と機能の関連性について調査しておく 【事後学習】 構造情報からのタンパク質の機能予測をもう一度自分で試しておく |
| 6 |
生体高分子の観察１ 核酸 【事前学習】 核酸の構造について調査しておく 【事後学習】 可視化ソフトウェアを用いて核酸の構造をもう一度自分で観察しておく |
| 7 |
生体高分子の観察２ タンパク質 【事前学習】 タンパク質の構造について調査しておく 【事後学習】 可視化ソフトウェアを用いてタンパク質の構造をもう一度自分で観察しておく |
| 8 |
配列比較 【事前学習】 タンパク質の配列解析法について調査しておく 【事後学習】 タンパク質の配列解析をもう一度自分で試しておく |
| 9 |
タンパク質の立体構造予測 【事前学習】 タンパク質の立体構造予測法について調査しておく 【事後学習】 タンパク質の立体構造予測をもう一度自分で試しておく |
| 10 |
薬剤の計算科学的分子設計１ リガンドベースドラッグデザイン（LBDD) 【事前学習】 LBDD法について調査しておく 【事後学習】 LBDD法を用いてもう一度自分で薬剤を設計してみる |
| 11 |
薬剤の計算科学的分子設計２ ストラクチャーベースドラッグデザイン（SBDD） 【事前学習】 SBDD法について調査しておく 【事後学習】 SBDD法を用いてもう一度自分で薬剤を設計してみる |
| 12 |
課題１ 薬剤分子設計 【事前学習】 これまでの学習内容を十分に復習しておく 【事後学習】 得られたデータをまとめておく |
| 13 |
課題２ 薬剤分子設計 【事前学習】 これまでの学習内容を十分に復習しておく 【事後学習】 得られたデータをまとめておく |
| 14 |
課題発表 【事前学習】 発表データの整理をしておく 【事後学習】 指摘箇所の修正を行う |
| 15 |
総括 まとめと質疑応答 【事前学習】 これまでの学習内容を十分に復習しておく 【事後学習】 レポートをまとめる |
| 16 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 17 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 18 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 19 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 20 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 21 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 22 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 23 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 24 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 25 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 26 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 27 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 28 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 29 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| 30 |
【事前学習】 【事後学習】 |
| その他 | |
|---|---|
| 教科書 | 使用しない |
| 参考書 | 使用しない |
| 成績評価の方法及び基準 | レポート(50%)、授業参画度(50%) 授業参画度は、毎回の小レポート等で評価します。 |
| オフィスアワー | 本館５階５０２。随時（事前にアポイントをとること。アポイントの取り方については第一回のガイダンス時に説明する）。 |