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物理生命シミュレーション

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科目名 物理生命シミュレーション
教員名 金子 寛生
単位数    2 学年    3 開講区分 文理学部
科目群 生命科学科
学期 後期 履修区分 選択
授業テーマ 構造生物学に基づいた生体分子設計
授業のねらい・到達目標 まず、生体分子の構造を十分に観察し、構造と機能の関係を理解することが最初のねらいとなる。そのためには、生物データベースを理解し、分子の表示方法について学ぶ必要がある。その後に、蛋白質および薬物の設計について段階的に学習していく。
アミノ酸の配列解析、ホモロジーモデリング、分子動力学シミュレーションなど一通りの技術を修得することも本講義の主要な目的の一つである。
授業の方法 高度かつ専用の分子設計支援ソフトおよびパソコンを用いて、演習形式の授業を行う。立体的な構造は、ステレオ表示により観察する。また、web検索を駆使して、必要な情報を得る訓練を積む。
履修条件 使用ソフトライセンス数制限から、受講者数の調整を行うことがある。
その場合、生体情報学1における授業態度や成績を参考にする。
事前学修・事後学修,授業計画コメント 自宅にてデータベースおよびソフトウェアの使用方法について毎回後復習を行う
授業計画
1 ガイダンス
2 インターネットを利用した生物系文献調査
3 生物データベースの種類と利用法
4 配列解析 ホモロジーサーチなど
5 生体高分子の観察1 核酸、脂質、糖
6 生体高分子の観察2 蛋白質
7 生体高分子の観察3 蛋白質とリガンド複合体
8 低分子のモデリング
9 蛋白質のモデリング
10 蛋白質の改変、設計
11 薬物設計、ドッキング
12 分子力学 分子動力学シミュレーション
13 授業内容の整理
14 文献調査
15 総括 試験の解説 質疑応答
その他
成績評価の方法及び基準 出席状況(50%)、課題発表(50%)
出席点は、単なる出席回数でない 授業態度によってプラスにもマイナスにもなる。
オフィスアワー 月 2時30分以降・火 4時30分以降  8号館A210
備考 生体情報学1、2を同時に選択していることが強く望まれる。
受講者数制限を行う可能性あり。

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